Logré recuperar el archivo original del proyecto en Adobe InDesign, pero las imágenes vinculadas al mismo ya las había borrado o cambiado (Por limpieza, soy muy delicado en ese aspecto) y no tenía posibilidad de modificarlo.
Si no movía algo todo estaría perfecto, no lanzaría error; entonces decidí simplemente exportarlo a un PDF interactivo.
¿Cuál es el problema? Todas las animaciones se perdieron, los vínculos de los indices se desactivaron y cualquier otra interacción quedó inútil.
Es una lástima, pero no pude hacer más. Rescaté lo esencial, para quien todavía le interese.
Link de descarga del manga y "El Legado Chozo" en formato PDF interactivo:
http://www.mediafire.com/file/hnpspqb7jgdpski/Metroid_PDF.rar/file